José María Álvarez arbeitet seit nahezu vierzig Jahren zugleich in öffentlichen Gesundheitseinrichtungen (psychiatrische Kliniken und Allgemeinkrankenhäuser) und in eigener Praxis.
Seit mehr als drei Jahrzehnten ist er zudem im Krankenhauskontext in den Diensten für Psychiatrie und Psychische Gesundheit in der Ausbildung von Fachärzten für Psychiatrie sowie von Psychologen mit klinischer Spezialisierung tätig. Diese Ausbildung erfolgt im Rahmen des spanischen Residenzsystems MIR y PIR (Médicos Internos Residentes und Psicólogos Internos Residentes), das einer mehrjährigen, praxisorientierten klinischen Fachausbildung im öffentlichen Gesundheitswesen entspricht.
Seine zahlreichen Veröffentlichungen kreisen vor allem um drei Themenbereiche: die Psychopathologie — insbesondere die klassische Psychopathologie —, die psychoanalytisch orientierte therapeutische Praxis sowie die Geschichte der Psychopathologie. In diesem Zusammenhang hat er Werke bedeutender französischer und deutscher Psychopathologen übersetzt und kommentiert. Diese Arbeiten haben wesentlich dazu beigetragen, ein spanischsprachiges Publikum mit den Schriften von Autoren wie Séglas, Schüle, Kraepelin, Gaupp, Clérambault und vielen anderen vertraut zu machen.
Seit über zwanzig Jahren treibt José María Álvarez maßgeblich die sogenannte die Andere Psychiatrie voran. Dabei handelt es sich nicht um eine Schule oder ein geschlossenes Theoriegebäude, sondern um eine internationale Arbeitsbewegung von Psychoanalytikern, klinischen Psychologen und Psychiatern, die sich kritisch mit der Verengung der Psychiatrie auf rein biologische oder technisch-administrative Modelle auseinandersetzt. Ihr besonderes Interesse gilt der Psychose, ihrer klinischen Vielfalt und ihrer Behandlung mittels Psychotherapie, ebenso wie der Wiedergewinnung der klassischen psychopathologischen Klinik als unverzichtbare Grundlage des klinischen Denkens. In diesem Rahmen hat José María Álvarez zahlreiche Forschungs- und Publikationsprojekte vorangetrieben und fachlich betreut, von denen viele im Verlag Xoroi (Barcelona) erschienen sind, wo er mehrere Buchreihen leitet.
Zu seinen wichtigsten Veröffentlichungen zählen – neben weiteren Arbeiten und Übersetzungen – Die Erfindung der psychischen Krankheiten, Studien zur Psychose und Prinzipien einer Psychotherapie der Psychose, hinzu kommen Sprechen wir über den Wahnsinn sowie Die Wunden der Seele. Den Abschluss bildet das von ihm wissenschaftlich geleitete zweibändige Vokabular der Psychopathologie.
